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紅豆杉為常綠喬木，小枝互生，到秋天變黃綠色或淡紅褐色；冬芽鱗片背部圓或有鈍棱脊；鐮刀形葉子，二列式，長1.5－3厘米，比其他紅豆杉屬的更闊，末端尖而細小，葉底有兩道黃間；花腋生，雌雄異株，雌花只有一個胚珠，下托鱗片數枚；扁卵形種子，兩側各有一不明顯的棱脊，圍有紅色杯狀假種皮。
紅豆杉高達30米，胸徑達65-100厘米；樹皮灰褐色、紅褐色或暗褐色，裂成條片脫落；大枝開展，一年生枝綠色或淡黃綠色，秋季變成綠黃色或淡紅褐色，二、三年生枝黃褐色、淡紅褐色或灰褐色；冬芽黃褐色、淡褐色或紅褐色，有光澤；冬芽鱗片背部圓或有鈍棱脊；葉條形，雌雄異株，種子扁圓形。種子用來榨油，也可入藥。屬淺根植物，其主根不明顯、側根發達。
葉螺旋狀互生，基部扭轉為二列，條形略微彎曲，長1～2.5cm，寬2～2.5mm，葉緣微反曲，葉端漸尖，葉背有2條寬黃綠色或灰綠色氣孔帶，中脈上密生有細小凸點，葉緣綠帶極窄，雌雄異株，雄球花單生于葉腋，雌球花的胚珠單生于花軸上部側生短軸的頂端，基部有圓盤狀假種皮。種子扁卵圓形，有2棱，種卵圓形，假種皮杯狀，紅色。
