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紅豆杉為常綠喬木,小枝互生,到秋天變黃綠色或淡紅褐色;冬芽鱗片背部圓或有鈍棱脊;鐮刀形葉子,二列式,長1.5-3厘米,比其他紅豆杉屬的更闊,末端尖而細小,葉底有兩道黃間;花腋生,雌雄異株,雌花只有一個胚珠,下托鱗片數枚;扁卵形種子,兩側各有一不明顯的棱脊,圍有紅色杯狀假種皮。
紅豆杉高達30米,胸徑達65-100厘米;樹皮灰褐色、紅褐色或暗褐色,裂成條片脫落;大枝開展,一年生枝綠色或淡黃綠色,秋季變成綠黃色或淡紅褐色,二、三年生枝黃褐色、淡紅褐色或灰褐色;冬芽黃褐色、淡褐色或紅褐色,有光澤;冬芽鱗片背部圓或有鈍棱脊;葉條形,雌雄異株,種子扁圓形。種子用來榨油,也可入藥。屬淺根植物,其主根不明顯、側根發達。
葉螺旋狀互生,基部扭轉為二列,條形略微彎曲,長1~2.5cm,寬2~2.5mm,葉緣微反曲,葉端漸尖,葉背有2條寬黃綠色或灰綠色氣孔帶,中脈上密生有細小凸點,葉緣綠帶極窄,雌雄異株,雄球花單生于葉腋,雌球花的胚珠單生于花軸上部側生短軸的頂端,基部有圓盤狀假種皮。種子扁卵圓形,有2棱,種卵圓形,假種皮杯狀,紅色。